هنگام تمیز کردن، باید از مواد تمیزکننده مخصوص و پارچه نرم برای پاک کردن آرام سوراخ‌های توری غلتک آنیلوکس استفاده شود تا از آسیب دیدن ساختار ظریف آن توسط اجسام سخت جلوگیری شود. زدودن گرد و غبار از سطح بدنه دستگاه، ریل‌های راهنما و دریچه‌های دفع حرارت سروو موتور نیز برای اطمینان از دفع حرارت روان و حرکت مکانیکی پایدار بسیار مهم است. نگهداری روغن‌کاری باید به شدت از مشخصات تجهیزات پیروی کند و مرتباً گریس مشخص شده را به ریل‌های راهنما، یاتاقان‌ها و سایر اجزا اضافه کند تا از اتلاف اصطکاک کاسته شود و دقت طولانی مدت دستگاه چاپ فلکسوگرافی حفظ شود. علاوه بر این، بازرسی‌های روزانه از آب‌بندی خطوط لوله پنوماتیک و تجمع گرد و غبار در کابینت‌های برق می‌تواند به طور مؤثر از خرابی‌های ناگهانی جلوگیری کند.

پایداری سیستم دستگاه چاپ فلکسوگرافی به نگهداری دوگانه سخت‌افزار و نرم‌افزار بستگی دارد. اگرچه ساختار انتقال بدون چرخ‌دنده پیچیدگی مکانیکی را ساده می‌کند، اما همچنان لازم است که سفتی سروو موتور و کشش تسمه همزمان به طور منظم بررسی شود تا از شل شدن و انحراف در ثبت جلوگیری شود. از نظر سیستم کنترل، لازم است پارامترهای سروو درایو به صورت بلادرنگ رصد شوند و سیستم ثبت کالیبره شود. حساسیت سنسور کشش و دستگاه جذب خلاء مستقیماً بر انتقال مواد تأثیر می‌گذارد و تمیز کردن روزانه و آزمایش عملکردی ضروری است. در استفاده طولانی مدت، مدیریت مواد مصرفی چاپگر فلکسوگرافی به همان اندازه مهم است، مانند تعویض به موقع تیغه‌های تراشنده و لوله‌های جوهر قدیمی و پشتیبان‌گیری منظم از پارامترهای تجهیزات برای مقابله با ناهنجاری‌های داده‌ها. کنترل دما و رطوبت محیط کارگاه می‌تواند تغییر شکل مواد و تداخل الکترواستاتیک را کاهش دهد و اثر چاپ را بیشتر بهینه کند. تنها از طریق استراتژی‌های نگهداری علمی و سیستماتیک، چاپخانه‌های فلکسوگرافی می‌توانند به اعمال مزایای دقت و راندمان بالا ادامه دهند، در حالی که تلاش‌ها برای تسهیل بهینه‌سازی ساختاری و پیشرفت فناوری در اکوسیستم صنعتی چاپ و بسته‌بندی را حفظ می‌کنند.